没有煮熟的豆浆可能对人体有害，主要因含有皂苷、胰蛋白酶抑制剂等抗营养因子。彻底煮沸可破坏这些物质，避免引发胃肠不适或中毒反应。
豆浆在未充分加热时，皂苷会刺激消化道黏膜，导致恶心、呕吐或腹泻。生豆浆中的胰蛋白酶抑制剂会干扰蛋白质消化吸收，长期摄入可能影响营养利用。部分人群饮用后可能出现头晕、乏力等植物血球凝集素引发的毒性反应。传统石磨工艺制作的豆浆更需注意煮沸时间，因豆类细胞结构破坏不彻底时有害物质残留较多。市售预包装豆浆通常经过超高温灭菌处理，安全性较高，但家庭自制豆浆必须持续沸腾5分钟以上。
使用破壁机制作豆浆时，高速搅拌产生的热量可能造成假沸现象，表面泡沫会让人误以为已煮沸。实际需撇去泡沫后继续加热至真正沸腾。儿童、老人或胃肠功能较弱者饮用未煮透豆浆后症状更明显，可能出现腹痛伴电解质紊乱。大豆过敏体质者即使饮用熟豆浆也可能发生过敏反应，表现为皮肤瘙痒或呼吸道症状。
建议家庭自制豆浆时使用量杯确认水量与豆量比例，避免过浓增加有害物质浓度。煮沸后调至小火维持翻滚状态，用温度计辅助确认达到100℃更安全。饮用后出现口唇麻木或频繁呕吐需及时就医。日常可选择添加少量糙米或坚果共同研磨，既能提升香味又可降低皂苷相对含量。
