扁桃腺多数情况下可以手术，具体需根据反复感染、阻塞性睡眠呼吸暂停、肿瘤或脓肿等情况评估。手术方式主要有扁桃体切除术、低温等离子消融术等。
每年发作超过7次或连续3年频繁发炎，保守治疗无效时建议手术。可能与链球菌感染、免疫低下有关，表现为咽痛发热。
腺样体肥大导致睡眠呼吸暂停或吞咽困难，影响生长发育需手术干预。多与慢性炎症增生相关，伴随打鼾缺氧症状。
疑似恶性病变或巨大良性肿瘤压迫气道时须手术。需病理确诊后行根治性切除，可能伴随颈部淋巴结肿大。
扁桃体周围脓肿保守治疗无效时需切开引流，必要时同期切除扁桃体。常见于细菌混合感染，伴剧烈咽痛张口受限。
术后需流质饮食避免刺激，监测出血情况，两周内避免剧烈运动促进创面愈合。
