芦荟可能导致胃肠不适、过敏反应、电解质紊乱、药物相互作用及孕妇禁忌等副作用。
芦荟中的蒽醌类成分可能刺激胃肠黏膜，过量服用易引发腹痛、腹泻或痉挛性排便。长期使用含芦荟大黄素的制品可能削弱肠道自主蠕动功能，形成依赖性排便。胃肠敏感者或慢性肠炎患者应避免空腹食用芦荟制品。
芦荟凝胶含多种活性蛋白，部分人群接触后可能出现皮肤红斑、瘙痒或接触性皮炎。口服芦荟汁可能诱发口唇肿胀、喉头水肿等速发型过敏症状。有植物过敏史者初次使用需做皮肤贴敷测试。
芦荟的导泻作用可能导致钾离子过度流失，引发低钾血症，表现为肌无力、心律失常等症状。合并利尿剂使用或存在肾功能不全者风险更高。连续使用芦荟通便产品不宜超过1周。
芦荟可降低地高辛等强心苷类药物疗效，与抗凝血药同服可能增加出血风险。其泻下作用会加速肠道排空，影响缓释制剂、降糖药的吸收。服用处方药期间需咨询医师。
芦荟苷可能刺激子宫平滑肌收缩，孕早期使用有流产风险。哺乳期摄入芦荟成分可能通过乳汁引起婴儿腹泻。孕妇及备孕女性应完全避免含芦荟的食品、保健品及护肤品。
使用芦荟制品时建议从微量开始测试耐受性，外用避开破损皮肤，内服控制每日摄入量不超过30毫升新鲜凝胶。出现心悸、皮疹或持续腹泻应立即停用。慢性病患者、老年人和儿童使用前需经专业医疗评估，避免与含番泻叶、决明子等泻药成分产品叠加使用。选择芦荟加工品时注意查看成分表，优先选用脱色脱毒处理的标准化产品。
