益生菌建议在饭后半小时服用，主要考虑因素有胃酸浓度、食物缓冲作用、菌株存活率、个体胃肠差异。
空腹时胃酸分泌较多，强酸性环境可能降低益生菌活性，饭后胃酸被食物稀释更利于活菌通过胃部。
食物能中和部分胃酸，为益生菌创造较温和的生存环境，特别是含蛋白质和脂肪的食物保护效果更明显。
部分耐酸菌株可饭前服用，但大多数商业菌株推荐饭后使用，具体需参照产品说明书标注的服用要求。
胃肠敏感者饭后服用可减少不适，长期服用抗生素人群应按医生指导调整服药与益生菌的间隔时间。
服用益生菌期间应避免与高温饮品同服，可搭配常温酸奶等含益生元的食物以增强定植效果，持续服用两周以上更易显现调节作用。
