肾结石碎石对肾脏的影响通常较小，但具体与碎石方式及患者个体差异有关。体外冲击波碎石可能引起轻微血尿或肾周血肿，而经皮肾镜碎石存在低概率的感染或出血风险。
体外冲击波碎石是目前最安全的非侵入性治疗方式，通过高频声波将结石分解为可排出的颗粒。术后可能出现短暂性血尿或腰部隐痛，多数在1-3天内自行缓解。该技术对肾实质损伤轻微，不会影响肾功能减退，但肥胖患者或结石硬度较高时可能需要重复治疗。碎石后建议每日饮水2000毫升以上帮助残石排出，避免剧烈运动防止组织二次损伤。
经皮肾镜碎石需建立人工通道直达肾盂取石，存在穿刺出血和尿路感染风险。术中可能损伤肾内血管导致血红蛋白尿，严重时需输血处理。术后留置肾造瘘管期间可能出现发热或腰痛，需抗生素预防感染。对于合并糖尿病或尿路畸形的患者，发生肾周脓肿等并发症概率略高，需严格监测体温与尿液性状变化。
术后应保持每日尿量超过1500毫升，限制高草酸食物如菠菜坚果摄入。定期复查超声观察结石排净情况，若出现持续发热或严重血尿需立即返院。长期随访数据显示规范操作的碎石术不会降低肾功能，但既往有慢性肾病者需更严格控制治疗指征。
