多数情况下肛周囊肿需要手术治疗，处理方式主要有切开引流、囊肿切除术、抗生素治疗、局部护理等。
急性感染期需切开排脓缓解疼痛，可能与细菌感染有关，表现为红肿热痛。可遵医嘱使用头孢克肟、甲硝唑、左氧氟沙星等药物。
反复发作的慢性囊肿建议手术根治，可能与腺体阻塞有关，伴随渗液或硬结。术后需配合红光理疗促进愈合。
轻度感染可尝试药物控制，常见金黄色葡萄球菌感染，伴随低热。可使用阿莫西林克拉维酸钾、克林霉素、莫匹罗星软膏。
早期小囊肿可通过坐浴缓解，与久坐或卫生不良相关。建议高锰酸钾溶液坐浴每日两次，保持肛周干燥清洁。
术后应避免辛辣刺激饮食，每日用温水清洗创面，穿着宽松棉质内衣减少摩擦，定期复查直至伤口完全愈合。
