浅表性萎缩性胃炎多数可以临床治愈或有效控制，可通过消除幽门螺杆菌感染、调整饮食习惯、保护胃黏膜等综合治疗实现。部分伴有肠化生或异型增生者需长期随访。
幽门螺杆菌感染是主要致病因素，需规范使用四联疗法根除治疗，常用药物包括奥美拉唑、阿莫西林、克拉霉素和枸橼酸铋钾。
轻度萎缩可通过黏膜保护剂促进修复，如硫糖铝混悬凝胶、瑞巴派特片，伴胆汁反流时可加用铝碳酸镁咀嚼片。
针对腹胀腹痛使用莫沙必利等促动力药，反酸症状明显时配合雷贝拉唑钠肠溶片等抑酸剂短期治疗。
避免腌制食品和刺激性食物，戒烟限酒，规律进食并保持情绪稳定。重度萎缩伴肠化生患者需每年胃镜复查。
日常可适量食用猴头菇、山药、卷心菜等具有胃黏膜保护作用的食物，必要时补充叶酸及维生素B12改善萎缩状况。
