肛周囊肿通常需要治疗。未经治疗的肛周囊肿可能发展为肛周脓肿甚至引发全身感染，处理方式主要有药物抗感染、切开引流、手术切除、日常护理等。
早期感染可使用头孢克肟、阿莫西林克拉维酸钾、甲硝唑等抗生素控制炎症，伴有疼痛时可配合布洛芬缓解症状。
形成脓肿后需由外科医生行切开引流术，排出脓液并放置引流条，术后需定期换药防止创面粘连。
反复发作或复杂瘘管需行肛瘘切除术，术中需完整清除瘘管及感染灶，术后配合高锰酸钾坐浴促进愈合。
保持肛周清洁干燥，排便后可用温水清洗，避免久坐压迫，饮食宜清淡并补充膳食纤维预防便秘。
出现肛周红肿热痛或发热等症状应及时就医，避免自行挤压或热敷导致感染扩散。糖尿病患者及免疫力低下者更需积极治疗。
