肠镜检查通常需要挂消化内科或胃肠外科，具体选择科室可能与患者症状、基础疾病等因素有关。
消化内科负责消化道疾病的诊断与治疗，多数无明确手术指征的肠镜检查在此科室完成，适用于慢性腹泻、便血等症状的初诊。
胃肠外科主要处理需手术干预的肠道病变，若患者存在肠梗阻、腹部包块或既往肠道手术史，建议优先选择该科室。
部分医院体检中心提供肠镜筛查服务，适用于无症状人群的结直肠癌早期筛查，但发现异常仍需转诊专科进一步处理。
已确诊肠道肿瘤的患者进行疗效评估或随访时，可由肿瘤内科开具肠镜检查申请，配合其他抗肿瘤治疗同步开展。
检查前需按医嘱完成肠道准备，避免进食红色食物影响观察，检查后2小时内禁食防止误吸，出现持续腹痛或便血应及时返院。
