中药神曲与建曲的主要区别在于成分、功效和适应症，神曲主要由辣蓼、青蒿等发酵制成，建曲则添加了麦芽、赤小豆等药材。
神曲以辣蓼、青蒿、杏仁等为主要原料发酵而成；建曲在神曲基础上加入麦芽、赤小豆、苍耳等药材，成分更复杂。
神曲侧重消食化积，适用于米面类食物积滞；建曲因添加解表药材，兼具消食和发散风寒功效。
神曲主治食积腹胀、消化不良；建曲适用于食积伴有感冒症状的情况，如脘腹胀满伴发热恶寒。
神曲采用单一发酵工艺；建曲需先制备神曲后再与其他药材混合发酵，工艺步骤更多。
两者均需在中医师指导下使用，脾胃虚弱者慎用，服药期间忌食生冷油腻食物。
