真菌性角膜炎常用治疗药物有那他霉素滴眼液、氟康唑滴眼液、两性霉素B滴眼液等抗真菌药物，需严格遵医嘱使用。
1、那他霉素那他霉素滴眼液为多烯类抗真菌药，通过破坏真菌细胞膜发挥杀菌作用，适用于镰刀菌属感染，可能出现眼部刺激感等不良反应。
2、氟康唑氟康唑滴眼液属于三唑类抗真菌药，可抑制真菌细胞膜麦角固醇合成，对念珠菌属感染效果较好，偶见结膜充血等局部反应。
3、两性霉素B两性霉素B滴眼液能与真菌细胞膜结合形成孔道，对曲霉菌属有效，使用期间需监测角膜上皮毒性反应。
4、伏立康唑伏立康唑滴眼液为广谱抗真菌药，对丝状真菌和酵母菌均有抑制作用，可能出现视觉异常等副作用。
治疗期间应保持眼部清洁，避免揉眼，定期复查角膜愈合情况，出现视力急剧下降需立即就诊。
