肛门疣治疗时间一般为2周至3个月，实际时间受到疣体大小、治疗方法、免疫状态、是否复发等多种因素的影响。
1、疣体大小：
较小疣体可能2-4周消退，较大疣体或融合成片的病变需要更长时间治疗。
2、治疗方法：
外用药物如咪喹莫特需持续数周，冷冻治疗需重复进行，激光或手术切除可快速去除但需观察复发。
3、免疫状态：
免疫功能正常者恢复较快，合并HIV感染或长期使用免疫抑制剂者疗程可能延长。
4、是否复发：
约三分之一的患者会出现复发，需追加治疗周期，复发者总治疗时间可能超过半年。
治疗期间应保持肛周清洁干燥，避免搔抓，性伴侣需同步检查，定期复诊评估疗效。
