先天性卵巢发育不全可通过激素替代治疗、生长激素治疗、辅助生殖技术、心理疏导等方式干预。治疗需根据个体情况结合内分泌评估制定方案，以改善第二性征发育和预防骨质疏松等问题。
雌激素和孕激素序贯治疗可模拟自然月经周期，促进子宫发育及维持子宫内膜健康。常用结合雌激素、戊酸雌二醇等药物，需定期监测乳腺和子宫内膜状况。
适用于儿童期生长迟缓患者，通过重组人生长激素注射改善终身高。治疗需在骨骺闭合前进行，需配合儿科内分泌科监测骨龄和胰岛素样生长因子水平。
对于有生育需求者，可通过捐赠卵子体外受精实现妊娠。需评估子宫发育状况，部分患者需配合雌激素预处理改善子宫容受性。
建立多学科团队提供心理支持，帮助应对身材矮小、不孕等心理压力。建议加入病友互助团体，必要时可配合认知行为疗法改善躯体形象焦虑。
建议保持适度负重运动预防骨质疏松，定期进行骨密度检测和心脏彩超检查，注意补充维生素D和钙剂维持骨骼健康。
