鸡蛋通常建议做熟后食用，生吃或半熟食用可能增加健康风险。鸡蛋可能携带沙门氏菌等致病微生物，充分加热能有效杀灭病原体，同时熟鸡蛋的蛋白质吸收率更高。
鸡蛋在未充分加热时，蛋壳和蛋液可能残留沙门氏菌、大肠杆菌等微生物。这些病原体进入人体后可能引发急性胃肠炎，表现为腹痛、腹泻、呕吐等症状。加热至70℃以上并维持一定时间可彻底灭活细菌，煎蛋、水煮蛋等烹饪方式均能达到杀菌效果。熟鸡蛋的蛋白质结构更松散，人体对其消化吸收率可达90％以上，而生鸡蛋的蛋白质吸收率不足50％。鸡蛋中的抗生物素蛋白在加热后失活，避免影响生物素吸收。
部分人群可能选择食用溏心蛋或生鸡蛋，这类食用方式需确保鸡蛋来源可靠且经过巴氏消毒。生鸡蛋的卵粘蛋白会抑制胰蛋白酶活性，可能引起消化不良。生鸡蛋还可能存在禽流感病毒污染风险，免疫功能低下者更应避免。日本等地区有食用生鸡蛋的传统，但会使用特殊灭菌工艺处理的鸡蛋，普通市售鸡蛋不建议模仿。
日常食用鸡蛋建议采用煮沸8分钟、油煎至蛋白凝固等烹饪方式。老人、儿童、孕妇等群体应严格食用全熟蛋，避免使用可能含生蛋液的沙拉酱、提拉米苏等食品。储存鸡蛋时需冷藏并尽快食用，烹饪前应清洗蛋壳表面污物。若出现食用生鸡蛋后发热、持续腹泻等症状，需及时就医排查感染可能。
