衣原体肺炎多数情况下可以自愈，但免疫力低下者可能出现病情加重。衣原体肺炎的治疗方法主要有对症支持、抗生素治疗、免疫调节、并发症处理。
轻度发热咳嗽可通过多饮水、物理降温缓解，无须特殊治疗。保持室内空气流通有助于症状改善。
大环内酯类抗生素如阿奇霉素、克拉霉素、罗红霉素对衣原体有效。抗生素使用需严格遵医嘱完成疗程，避免耐药性产生。
病程超过两周未愈者可能存在免疫功能异常，可考虑使用匹多莫德等免疫调节剂。老年患者建议接种肺炎疫苗预防复发。
合并中耳炎需加用头孢克洛，出现胸腔积液需穿刺引流。重症患者出现呼吸衰竭时需氧疗支持。
患病期间应保证优质蛋白摄入，适当补充维生素C，避免剧烈运动。症状持续一周无改善或出现气促需及时就医。
