指甲凹陷可能由遗传因素、外伤、缺铁性贫血、银屑病等因素引起，需针对不同病因采取相应治疗措施。
部分人群因家族遗传出现指甲基质发育异常，表现为点状凹陷。通常无须特殊治疗，可定期修剪保持指甲清洁。
甲床受撞击或不当美甲导致局部损伤时易形成凹陷。避免继续损伤后多可自行恢复，外伤严重者需就医排除甲床撕裂。
铁元素缺乏会影响指甲角蛋白合成，出现匙状甲伴凹陷。需补充富铁食物并遵医嘱服用琥珀酸亚铁片、右旋糖酐铁分散片、蛋白琥珀酸铁口服溶液等药物。
银屑病甲损与免疫异常相关，表现为顶针样凹陷。可外用卡泊三醇软膏、他卡西醇软膏或口服阿维A胶囊，需配合光疗等综合治疗。
日常注意保持手足干燥，避免接触刺激性化学品，均衡摄入富含蛋白质、维生素及矿物质的食物。
