先天性的梅毒的新生儿是可以打疫苗的，如果经医院检查新生儿所患梅毒是先天性的，此时给孩子接种疫苗时是并没有任何影响的，而且疫苗也不会和梅毒产生任何反应，它只针对一些特定的病症，但是在治疗梅毒的时期是不能够接种疫苗的。
另外，新生儿的梅毒如果诊断并不是先天性的，此时最重要的应该是先要为新生儿治疗梅毒，而不是给孩子接种疫苗。
在治疗梅毒的期间，则新生儿需要使用抗生素等药物，而一旦服用了药物，患儿就不可以再继续接种疫苗了，因为使用的药物可能会和接种疫苗的药物产生化学反应，从而引发新生儿发生其他别的病症，或者加重梅毒病情的恶化。
