新生儿癫痫医生诊断的过程，首先要确定是癫痫发作。因为有很多发作是类似癫痫发作，但不是癫痫发作。比如癔病，癔病的婴儿也像癫痫一样。所以要先确诊病情。其次，要确定发作的类型是癫痫还是癫痫综合征的类型，然后有必要确定疾病的原因，并诊断是否存在共患疾病。
要完成上述诊断，首先要根据患者父母提供的病史，以及医生进行体格检查，还有脑电图(EEG)辅助诊断。此外，还要做颅部影像学检查，了解婴儿的大脑结构是否有异常。还有病因学检测，包括遗传方面、染色体、遗传代谢，要做血尿串联质谱筛查，还有脑脊液、血生化、血气等检测。
