直肠炎多数情况下可以治愈，治疗效果与病因类型有关，主要包括感染性直肠炎、放射性直肠炎、溃疡性直肠炎、缺血性直肠炎等。
细菌或病毒感染引起的直肠炎通过抗感染治疗多可痊愈。抗生素如诺氟沙星、甲硝唑可用于细菌感染，抗病毒药物如阿昔洛韦适用于病毒感染。
放疗导致的直肠炎需局部药物灌肠治疗，常用药物包括硫糖铝混悬液、蒙脱石散，同时配合高压氧治疗可改善症状。
属于炎症性肠病需长期用药控制，常用5-氨基水杨酸制剂如美沙拉嗪栓剂，重症需糖皮质激素或免疫抑制剂治疗。
由直肠供血不足引起，除抗感染治疗外需改善循环，必要时行血管介入治疗或肠切除术。
直肠炎患者应注意避免辛辣刺激食物，保持规律作息，急性期建议低渣饮食并按医嘱规范用药。
