室间隔缺损手术预后通常较好，多数患者术后心脏功能可显著改善。手术效果与缺损大小、手术时机及是否合并其他心脏畸形等因素相关。
小型室间隔缺损患者术后恢复较快，心脏杂音可消失，生长发育与正常儿童无异。术后1-3个月心功能逐渐恢复正常，通常无须长期服药。中型缺损患者术后可能出现短暂心律失常，需3-6个月恢复期，部分需服用利尿剂或强心药物辅助。大型缺损或合并肺动脉高压者，术后需密切监测心肺功能，恢复期可能延长至1-2年，少数患者遗留轻度心功能不全。
术后并发症概率较低，包括残余分流、传导阻滞或感染性心内膜炎。残余分流多见于肌部缺损，分流量小于3毫米通常无须二次手术。完全性房室传导阻滞发生率不足1％，需安装永久起搏器。术后10年生存率超过95％，绝大多数患者可正常生活学习，但应避免剧烈运动竞技。
术后需定期复查超声心动图与心电图，建议术后1个月、3个月、6个月及每年随访。保持均衡饮食，适当补充优质蛋白与铁元素。避免呼吸道感染，疫苗接种须完整。成年女性患者妊娠前需评估心功能，重度肺动脉高压者禁忌妊娠。术后5年内避免潜水、跳伞等高压环境活动。
