无痛胃镜麻醉总体安全性较高，潜在风险主要包括呼吸抑制、过敏反应、心血管异常及术后恶心呕吐，严格术前评估可有效规避多数并发症。
麻醉药物可能抑制呼吸中枢，表现为血氧饱和度下降，术中需持续监测氧合情况，配备气管插管等急救设备。
极少数患者对丙泊酚等静脉麻醉药过敏，术前应详细询问过敏史，备好肾上腺素等抢救药物。
麻醉可能引起血压波动或心率失常，高血压及冠心病患者需提前优化用药，术中实时心电监护。
约三成患者出现短暂头晕或恶心，通常2小时内自行缓解，避免术后立即驾车或高空作业。
检查前4小时需严格禁食禁水，术后2小时可先饮用温水，无不适再逐步恢复清淡饮食。
