卵圆孔未闭手术风险通常较低，但需根据患者具体情况评估。手术方式主要有经导管封堵术和开胸手术两种，多数情况下经导管封堵术安全性更高。
经导管封堵术属于微创介入治疗，通过股静脉穿刺将封堵器送至心脏缺损部位，创伤小且恢复快。术后可能出现轻微胸痛、穿刺点血肿或短暂心律失常，多数在1-3天内自行缓解。封堵器相关并发症如脱落或血栓形成的概率极低，术前超声精准测量缺损大小可有效预防。开胸手术需在体外循环下进行，适用于合并其他心脏结构异常的患者。术中可能出现出血、感染或麻醉相关风险，术后需在重症监护室观察1-2天。两种术式均可能发生封堵器内皮化不全或残余分流，但发生率不足百分之五。
存在严重肺动脉高压、凝血功能障碍或活动性心内膜炎的患者手术风险相对较高。术前需完善经食道超声、右心导管等检查评估心脏血流动力学。术后需遵医嘱服用阿司匹林肠溶片、硫酸氢氯吡格雷片等抗凝药物3-6个月，定期复查心脏超声观察封堵效果。术后1个月内避免剧烈运动，3个月后多数患者可恢复正常生活。
