上呼吸道感染一般不会导致后遗症，但少数情况下可能引发中耳炎、鼻窦炎、心肌炎等并发症。上呼吸道感染多由病毒引起，主要表现为咳嗽、咽痛、流涕等症状，多数患者经对症治疗后可完全康复。
上呼吸道感染后若未及时治疗或免疫力低下，可能继发细菌感染。常见情况为病原体蔓延至邻近器官，如链球菌感染可能诱发急性中耳炎，表现为耳痛、听力下降；流感病毒可能引起病毒性心肌炎，出现胸闷、心悸等症状。儿童因咽鼓管结构特殊，更易发生中耳积液。
特殊体质人群可能出现罕见并发症。过敏性体质者可能因反复感染诱发哮喘发作；柯萨奇病毒感染可能引起病毒性脑膜炎；EB病毒感染后部分患者会持续存在乏力症状。糖尿病患者合并上呼吸道感染时，血糖波动可能加重。
预防并发症需注意发病期间避免剧烈运动，保证充足休息。出现持续发热、呼吸困难、胸痛等症状时应及时就医。愈后建议保持室内空气流通，适量补充维生素C，流感季节前可接种疫苗。儿童及老年人需加强保暖，减少人群密集场所暴露。
