生理性卵巢囊肿通常无明显症状，多数在体检时偶然发现。部分可能出现下腹坠胀、月经异常、性交疼痛等轻微表现，极少数可因囊肿破裂或扭转引发急腹症。
生理性卵巢囊肿多为排卵后形成的黄体囊肿或滤泡囊肿，直径常小于5厘米。由于囊肿内液体清亮、囊壁薄，很少对周围组织造成压迫。部分女性在月经周期后半段可能感到单侧下腹隐痛或坠胀感，这与囊肿张力变化有关。月经异常表现为经量增多、经期延长或周期缩短，与激素分泌波动相关。性交时可能出现深部钝痛，尤其见于囊肿位于子宫直肠陷凹的情况。
当囊肿发生破裂时，囊液刺激腹膜可引起突发性锐痛，多伴有恶心呕吐。卵巢囊肿蒂扭转好发于剧烈运动后，表现为下腹剧痛伴肛门坠胀感，需紧急处理。这些急症情况可能伴随发热、阴道流血等全身症状，但发生率不足生理性囊肿患者的百分之五。
建议育龄期女性每年进行妇科超声检查，月经期后复查可鉴别生理性囊肿与病理性囊肿。日常避免剧烈旋转运动，出现持续腹痛或异常出血应及时就医。保持规律作息和均衡饮食有助于调节内分泌，减少功能性囊肿的发生概率。
