甲胎蛋白升高不一定是肝癌，也可能是妊娠、肝炎、肝硬化、生殖细胞肿瘤、胚胎性肿瘤等情况引起。甲胎蛋白是肝癌的重要标志物，但特异性有限，需结合影像学检查综合判断。
妊娠期女性甲胎蛋白可出现生理性升高，通常在妊娠中期达到峰值，分娩后逐渐恢复正常。肝炎活动期或肝硬化患者因肝细胞再生修复，甲胎蛋白可能轻度升高，数值多在400微克每升以下，此时需监测肝功能变化。部分生殖系统肿瘤如畸胎瘤、精原细胞瘤也可分泌甲胎蛋白，这类患者往往伴有睾丸或卵巢肿块等局部症状。
原发性肝癌患者约70％存在甲胎蛋白显著升高，数值常超过400微克每升且持续上升。但仍有30％肝癌患者甲胎蛋白正常，特别是肝内胆管细胞癌患者。某些转移性肝癌如胃癌肝转移也可能导致甲胎蛋白升高，这种情况需要胃镜检查明确原发灶。
发现甲胎蛋白升高应完善肝脏超声、CT或磁共振检查，必要时进行肝穿刺活检。日常需避免饮酒、控制肝炎病毒复制、定期监测肿瘤标志物。若确诊肝癌，早期手术切除配合靶向治疗可获得较好预后。
