食道超声内镜检查过程中可能会有轻微不适感，但多数患者可以耐受。检查前会进行咽喉麻醉以减轻不适，检查时间通常较短。
食道超声内镜检查时，医生会将带有超声探头的内镜经口腔缓慢插入食道。由于咽喉部神经分布密集，部分患者可能出现恶心反射或短暂憋气感。检查过程中需要配合医生指令进行吞咽动作，探头移动时可能产生轻微牵拉感。但现代内镜管径较细且表面光滑，配合麻醉凝胶使用可大幅降低机械刺激。多数健康成年人在放松状态下仅感觉喉咙发紧或异物感，疼痛感不明显。
少数敏感体质患者可能出现较强不适，包括检查时呕吐反射剧烈、胸骨后灼热感或检查后咽喉肿痛持续。这些情况多见于既往有咽喉敏感史、胃食管反流病或颈椎病患者。检查过程中若出现难以忍受的疼痛，应立即通过手势向操作医生示意。对于极度恐惧的患者，可提前与医生沟通评估镇静检查的必要性。
检查后2小时内应禁食禁水以防误吸，当天宜选择温凉流质饮食。若出现持续胸痛、呕血或呼吸困难需立即就医。建议检查前充分了解操作流程，穿着宽松衣物，检查时保持均匀呼吸能有效缓解紧张情绪。有慢性咽炎的患者可提前3天用淡盐水漱口以减少黏膜刺激。
