慢性结膜炎通常不需要长期使用抗生素，抗生素仅适用于细菌感染引起的慢性结膜炎，且需严格遵医嘱控制疗程。
慢性结膜炎的病因复杂，细菌感染仅为其中一种可能。若结膜分泌物呈黄绿色、伴随眼睑红肿等细菌感染特征，可短期使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等抗生素治疗，疗程一般不超过两周。长期滥用抗生素可能导致耐药性、眼部菌群失调或继发真菌感染。非细菌性慢性结膜炎更常见，如过敏性结膜炎需使用奥洛他定滴眼液等抗组胺药物，干眼症相关炎症则需补充人工泪液配合环孢素滴眼液。病毒性或免疫因素引起的炎症使用抗生素完全无效。
慢性结膜炎患者应避免自行长期用药，尤其不可将抗生素作为日常护理使用。日常需减少电子屏幕使用时间，保持眼部清洁，避免揉眼。佩戴隐形眼镜者需严格消毒镜片，过敏体质者应远离花粉、尘螨等致敏原。若症状反复或加重，应及时复查调整治疗方案，必要时进行结膜刮片检查明确病原体类型。
