病毒性结膜炎患者一般可以冲洗眼睛，但需使用无菌生理盐水或医生推荐的冲洗液。若合并角膜溃疡或严重眼表损伤，则禁止自行冲洗。
病毒性结膜炎急性期眼部分泌物增多时，用无菌生理盐水冲洗可清除分泌物，减轻异物感。冲洗时需保持头部偏向患侧，避免污染健侧眼睛。冲洗液温度应接近体温，冲洗后及时擦干眼周皮肤。门诊常用硼酸洗液配合抗生素眼药水进行专业冲洗，家庭自行操作需严格遵循无菌原则。
当出现角膜上皮缺损、溃疡或明显眼睑肿胀时，冲洗可能加重角膜损伤或导致感染扩散。此时需避免任何形式的自行冲洗，尤其禁用自来水或非无菌液体。部分患者对冲洗液成分过敏会出现眼睑红肿加剧，需立即停用并冷敷处理。儿童患者因配合度差，家长不可强行冲洗，应采用医用棉签蘸取消毒液清洁睑缘。
病毒性结膜炎具有强传染性，冲洗前后需彻底洗手，冲洗器具应专人专用。冲洗仅作为辅助手段，治疗核心仍为抗病毒药物如更昔洛韦眼用凝胶、阿昔洛韦滴眼液等。若冲洗3天后症状无改善或出现视物模糊，须停用冲洗并就诊排查疱疹性角膜炎等并发症。
