肝内胆管结石和胆结石一般可以一起去除，但具体治疗方案需根据结石位置、大小及并发症决定。肝内胆管结石多需内镜或手术干预，胆结石可能通过药物或胆囊切除术处理。
肝内胆管结石与胆结石并存时，通常采用联合治疗策略。对于肝内胆管结石，经内镜逆行胰胆管造影术可清除胆总管结石，同时放置支架缓解胆管狭窄。若结石位于肝内二级以上分支，可能需肝部分切除术。胆结石若无症状可观察，反复发作的胆囊炎或合并胆总管结石时，腹腔镜胆囊切除术是标准方案。两种结石同时存在时，优先处理引起梗阻或感染的病灶，术中胆道镜探查能同步发现并处理隐匿性肝内结石。
少数复杂病例需分阶段治疗。当肝内结石合并肝硬化门静脉高压时，一期手术风险较高，可能先行经皮肝穿刺胆道引流控制感染，待肝功能改善后再行确定性手术。弥漫性肝内胆管结石伴肝叶萎缩者，可能需联合胆肠吻合术重建胆汁引流通道。胆总管下端结石嵌顿合并急性胰腺炎时，需急诊内镜取石后再处理胆囊结石。
术后需长期随访胆汁淤积指标，低脂饮食配合熊去氧胆酸胶囊可减少复发风险。建议肝胆外科专科评估，根据影像学结果制定个体化方案。
