疱疹性咽峡炎可能会反复得第二次，但概率较低。疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒感染引起，多数患者痊愈后可获得一定免疫力，但若免疫力下降或接触不同血清型病毒，可能再次感染。
疱疹性咽峡炎初次感染后，机体通常会对同型病毒产生免疫保护，短期内再次感染同种病毒的概率较小。但肠道病毒存在多种血清型，不同型别病毒之间无交叉免疫，若接触新型病毒仍可能引发二次感染。儿童因免疫系统发育不完善、集体生活接触频繁，复发风险略高于成人。此外，免疫功能低下者如长期使用免疫抑制剂、存在基础疾病等，病毒清除能力减弱，更易出现反复感染。
极少数情况下，病毒可能在神经节内潜伏，当人体抵抗力下降时重新激活导致复发，但疱疹性咽峡炎病毒潜伏现象较单纯疱疹病毒更为罕见。若患者短期内多次出现类似症状，需考虑其他疾病如手足口病、疱疹性口炎等可能，建议就医明确诊断。
预防疱疹性咽峡炎复发需注意保持手卫生、避免接触患者分泌物，加强营养与锻炼以提高免疫力。患儿痊愈后家长应定期消毒玩具餐具，托幼机构发现病例时及时隔离。若出现反复发热、咽痛等症状，建议尽早就医排查病因。
