胡黄连具有清热燥湿、泻火解毒、退虚热的功效，主要用于湿热泻痢、黄疸尿赤、骨蒸潮热、小儿疳热等症。
胡黄连苦寒沉降，能清泄胃肠肝胆湿热，对湿热蕴结胃肠引起的腹泻、痢疾有显著效果。其活性成分胡黄连素可抑制肠道致病菌生长，缓解里急后重症状。临床常用胡黄连片配伍木香、白芍治疗细菌性痢疾。
胡黄连能清解三焦实火，尤善消除肝胆郁热。对于目赤肿痛、口舌生疮等上火症状，可与黄芩、栀子同用。现代研究证实其含有的黄连碱具有抗炎作用，能减轻急性结膜炎的红肿热痛表现。
胡黄连能清阴分伏热，治疗阴虚内热导致的骨蒸潮热、盗汗。其退虚热作用较黄连温和，适合结核病、更年期综合征等慢性消耗性疾病出现的低热，常与银柴胡、地骨皮组成清骨散。
胡黄连为治疗小儿疳积要药，能清除疳积化热导致的腹胀消瘦、烦躁哭闹。所含挥发油成分可促进消化液分泌，改善食欲。多与使君子、山楂配伍使用，如肥儿丸。
胡黄连能促进胆汁分泌，降低血清转氨酶，对肝炎、胆囊炎有一定辅助治疗作用。其有效成分可增强肝脏解毒功能，减轻酒精或药物对肝细胞的损伤。
使用胡黄连需注意脾胃虚寒者慎用，长期服用可能影响肠道菌群平衡。建议在中医师指导下根据体质配伍应用，湿热黄疸者可配合茵陈蒿汤，阴虚发热者宜搭配知柏地黄丸。服药期间忌食辛辣油腻，保持饮食清淡有助于药效发挥。
