黄连具有清热燥湿、泻火解毒的功效，主要用于湿热痞满、呕吐泻痢、高热神昏、心火亢盛等症状。其食用方法需严格遵医嘱，常见形式有黄连片、黄连素片、黄连上清丸等中成药，亦可配伍其他药材煎服。
黄连性寒味苦，能清除胃肠湿热，改善因湿热引起的脘腹胀满、恶心呕吐。对于细菌性痢疾或急性胃肠炎导致的腹泻，黄连素片可与木香顺气丸联用。湿热黄疸患者可配伍茵陈蒿汤，但脾胃虚寒者慎用。
黄连对心胃火盛导致的口舌生疮、牙龈肿痛有效，常与黄芩、栀子组成黄连解毒汤。皮肤痈肿疮毒可用黄连研末外敷，配合口服连翘败毒片。需注意长期使用可能引起胃肠不适。
黄连含小檗碱等生物碱，对金黄色葡萄球菌、痢疾杆菌等有抑制作用。临床常用盐酸小檗碱片治疗肠道感染，与蒙脱石散联用可增强疗效。但不可替代抗生素治疗严重感染。
黄连素可能通过抑制葡萄糖吸收辅助控糖，常与消渴丸配伍用于2型糖尿病。使用期间需监测血糖，避免与降糖药叠加导致低血糖。妊娠期糖尿病患者禁用。
小檗碱可延长心肌动作电位，用于室性早搏等心律失常。临床常用稳心颗粒含黄连成分，与参松养心胶囊联用效果更佳。严重心脏病患者应在心内科医师指导下使用。
黄连不宜与辛辣刺激食物同食，煎煮时忌用铁器。日常服用剂量不超过3-6克，连续使用不超过7天。出现腹痛、皮疹等不良反应应立即停用。建议在中医师辨证后使用，不可自行配伍复杂方剂。湿热体质者可适量饮用黄连代茶饮，但虚寒体质者需配伍干姜等温中药。
