黑芝麻适量食用通常无明显副作用，但过量或特殊体质可能引发胃肠不适、过敏反应、体重增加等问题。黑芝麻富含脂肪、蛋白质及矿物质，合理食用有助于补充营养。
黑芝麻含较多膳食纤维和油脂，短时间内大量摄入可能加重胃肠负担，出现腹胀、腹泻等症状。消化功能较弱者更需控制单次食用量，建议每日不超过20克。黑芝麻中的草酸与钙结合可能影响矿物质吸收，长期过量食用可能增加肾结石风险。对芝麻过敏的人群食用后可能出现皮肤瘙痒、红肿或呼吸道症状，需立即停止摄入并就医。黑芝麻热量较高，每100克约含500千卡，长期过量食用可能导致热量过剩。
建议将黑芝麻作为膳食补充而非主食，可搭配谷物或蔬菜分散摄入。研磨后食用更利于营养吸收，避免空腹大量食用。过敏体质者初次尝试需观察反应，出现不适及时就医。日常储存需密封防潮，避免氧化变质。
