囟门凹陷可能由脱水、营养不良、颅内压降低、先天性颅骨发育异常、甲状腺功能减退等原因引起，可通过补液治疗、营养支持、原发病治疗等方式干预。
婴幼儿腹泻或高热导致体液大量流失时，前囟会因组织液减少而下陷，常伴随尿量减少、皮肤弹性差等症状。家长需及时补充口服补液盐Ⅲ，必要时静脉输注0.9％氯化钠注射液。日常应保持喂养量，观察排尿频次。
长期喂养不足或吸收障碍会导致皮下脂肪减少，表现为囟门凹陷伴体重增长缓慢。需调整饮食结构，6月龄以上婴儿可添加强化铁米粉、蛋黄等辅食，严重者需使用小儿复方氨基酸注射液进行肠外营养支持。
脑脊液漏或过度使用脱水剂可能引发低压性头痛，此时囟门凹陷可能伴随呕吐、嗜睡。需停用呋塞米片等利尿剂，必要时通过腰椎穿刺注射生理盐水调整颅压。避免剧烈摇晃婴儿头部。
颅缝早闭症患儿因颅骨生长受限可能出现囟门早闭伴凹陷，需通过三维CT确诊。轻症可用颅骨矫形头盔，严重者需行颅缝再造术。定期监测头围增长曲线至关重要。
先天性甲减患儿代谢率降低会导致前囟宽大且凹陷，伴有黄疸消退延迟、喂养困难。确诊后需终身服用左甲状腺素钠片，定期复查促甲状腺激素水平。新生儿筛查可早期发现。
发现囟门凹陷需每日测量头围并记录凹陷深度，母乳喂养者母亲应保证优质蛋白摄入。避免擅自按压囟门区域，6月龄内婴儿每月进行儿童保健检查，若伴随精神差、抽搐等症状须立即急诊。维持环境温度25℃左右可减少不显性失水。
