HPV九价疫苗一般不会引起严重后遗症，常见不良反应多为轻微且短暂。接种后可能出现注射部位疼痛、红肿、发热或头晕等反应，通常2-3天内自行缓解。极少数可能出现过敏反应，需及时就医处理。
HPV九价疫苗的不良反应多数属于免疫系统正常应答。注射部位局部反应包括疼痛、硬结或瘙痒，可能与疫苗佐剂刺激有关。全身性反应如低热、乏力或头痛，通常体温不超过38.5摄氏度，可通过物理降温改善。胃肠道症状如恶心、食欲减退发生率较低，保持清淡饮食即可缓解。这些反应多在接种后48小时内出现，无须特殊干预。
严重过敏反应如荨麻疹、呼吸困难属于罕见情况，发生率低于万分之一。有聚山梨酯80或酵母过敏史者接种前需告知医生。疫苗接种后观察30分钟可降低风险。目前尚无证据表明疫苗会导致不孕或神经系统病变，国际监测数据显示其安全性良好。若接种后出现持续高热、抽搐或严重过敏症状，应立即就医排查其他病因。
接种后24小时内避免剧烈运动，观察体温变化。局部红肿可用冷敷缓解，避免抓挠注射部位。发热超过38.5摄氏度或症状持续3天未缓解应就诊。建议完成全程3剂接种以获得最佳保护效果，后续剂次出现不良反应的概率可能降低。接种记录需妥善保存，备孕女性建议完成接种程序后再考虑妊娠。
