儿童脑炎的治疗效果与病情严重程度、病原体类型及治疗时机有关，多数早期规范治疗可痊愈，少数重症可能遗留后遗症。
病毒性脑炎是儿童脑炎最常见类型，早期使用阿昔洛韦注射液、更昔洛韦分散片等抗病毒药物，配合甘露醇注射液降低颅内压，多数患儿1-2周症状缓解。细菌性脑炎需根据药敏结果选用注射用头孢曲松钠、美罗培南注射液等抗生素，及时治疗者预后较好。部分轻症患儿仅需对症支持治疗，如布洛芬混悬液退热、葡萄糖注射液维持水电解质平衡。
重症脑炎可能出现持续抽搐、意识障碍，需入住重症监护室进行机械通气、丙种球蛋白冲击治疗，此类患儿可能遗留癫痫、智力障碍等后遗症。结核性脑膜炎、隐球菌性脑膜炎等特殊感染疗程长达数月，需联合异烟肼片、两性霉素B脂质体等药物。免疫缺陷患儿、新生儿等特殊人群治疗难度相对较大。
患儿确诊后应严格卧床休息，保持呼吸道通畅，家长需记录体温、意识状态变化。恢复期可进行认知训练、肢体康复锻炼，定期复查脑电图和头颅影像学。疫苗接种是预防部分病原体感染的有效手段，出现发热、呕吐、精神差等症状时须及时就医。
