短期避孕药可能引起恶心、乳房胀痛、不规则阴道出血等副作用，通常与激素水平波动有关。常见副作用主要有头痛、情绪波动、体重轻微增加、月经周期改变、性欲减退等。多数症状会在服药2-3个月后逐渐缓解，若持续存在或加重需就医评估。
短期避孕药中的雌激素和孕激素可能刺激胃肠黏膜，引发恶心呕吐，多发生在服药初期。部分女性会出现乳房敏感或胀痛，与激素促进乳腺导管扩张有关。服药期间可能发生突破性出血，尤其漏服时更易出现，通常出血量较少且持续时间短。激素对下丘脑的调节作用可能导致情绪烦躁或抑郁倾向，原有精神疾病史者需谨慎用药。少数人因水钠潴留出现体重上升，但幅度一般不超过2公斤。
极少数情况下可能出现血栓形成风险升高，与雌激素促进凝血因子合成有关，吸烟、肥胖或高龄女性风险相对增加。严重偏头痛伴随视觉异常需立即停药，警惕脑血管意外。长期用药可能影响糖代谢，糖尿病高危人群应定期监测血糖。肝功能异常者药物代谢能力下降，可能加重药物蓄积毒性。对药物成分过敏者可能出现皮疹、瘙痒等超敏反应。
建议选择最低有效剂量的避孕药，避免与其他激素类药物联用。服药期间保持规律作息，适当补充维生素B6缓解情绪症状。若出现严重头痛、胸痛、下肢肿胀或黄疸等症状应立即停药并就医。定期进行血压、肝功能和乳腺检查，35岁以上吸烟女性建议改用非激素避孕方式。
