百香果的籽通常可以食用，含有膳食纤维、抗氧化物质等成分，有助于促进消化和抗氧化。百香果籽的功效主要有改善胃肠蠕动、提供抗氧化保护、辅助调节血脂、增加饱腹感、补充微量营养素。
百香果籽富含不可溶性膳食纤维，能刺激肠道蠕动，帮助缓解功能性便秘。纤维在肠道内吸收水分后膨胀，可软化粪便并加速其排出。胃肠功能较弱者建议将籽嚼碎后吞咽，避免整粒吞食可能造成的胃肠不适。
籽外层包裹的黄色假种皮含有多酚类物质，如白皮杉醇和槲皮素，具有中和自由基的作用。这些抗氧化成分可减少氧化应激对细胞的损伤，但需长期适量摄入才能显现效果。直接吞咽未经咀嚼的籽可能影响抗氧化成分释放。
籽中的植物甾醇能与胆固醇竞争吸收位点，减少肠道对胆固醇的吸收。动物实验显示其提取物可降低血清总胆固醇水平，但人体效果尚需更多证据支持。高血脂患者仍应以药物治疗为主，不可替代降脂药。
籽的纤维成分遇水膨胀后可延缓胃排空速度，帮助控制食欲。咀嚼过程中释放的芳香物质还能通过嗅觉刺激产生满足感。需要控制体重者可选择保留籽的百香果原汁，但每日摄入量建议不超过3个果实。
籽含有镁、铁等矿物质以及B族维生素，虽然单次摄入量有限，但长期食用可作为膳食补充来源。矿物质与籽中的有机酸结合更易被人体吸收，缺铁性贫血人群可搭配维生素C含量高的食物同食。
食用百香果籽时建议充分咀嚼以促进营养释放，胃肠敏感者可用滤网分离籽后饮用果汁。日常保存需将果实置于阴凉通风处，切开后建议冷藏并在24小时内食用完毕。若出现腹胀或过敏反应应立即停止摄入，必要时就医检查。
