感染HPV后多数情况下可以彻底治愈，但部分高危型HPV可能持续感染并引发病变。HPV感染的治疗效果主要与病毒型别、感染者免疫状态以及是否及时干预有关。
低危型HPV感染如6型、11型引起的尖锐湿疣，通过激光治疗或外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等药物可清除疣体，配合干扰素凝胶抑制病毒复制，多数患者在3-6个月内实现临床治愈。高危型HPV如16型、18型导致的宫颈上皮内病变，需通过宫颈锥切术切除病变组织，术后定期复查HPV-DNA和TCT检测，约70％-80％患者在1-2年内病毒载量转阴。青少年因免疫系统活跃，约90％的HPV感染可在2年内自行清除。
免疫缺陷患者如HIV感染者、长期服用免疫抑制剂者，病毒清除概率显著降低，可能出现持续感染。持续高危型HPV感染超过5年可能进展为宫颈癌，需通过阴道镜活检评估病变程度，必要时行根治性子宫切除术。妊娠期HPV感染可能因激素变化加重疣体生长，但通常产后免疫力恢复后可好转。
建议感染者保持规律作息、均衡摄入富含维生素A/C/E的深色蔬菜水果，适度运动增强免疫力。性生活使用避孕套可降低交叉感染风险，30岁以上女性建议每3年联合筛查HPV和TCT。已接种HPV疫苗者仍需定期筛查，因疫苗不能覆盖所有高危亚型。若出现异常阴道出血、疣体增大等症状应及时就诊妇科或皮肤性病科。
