肾结石的危害程度与结石大小、位置及是否引发并发症有关，多数情况下及时干预不会造成严重损害，但若延误治疗可能导致肾功能损伤。
体积较小的肾结石可能随尿液自然排出，仅引起短暂性腰部隐痛或排尿不适。这类结石通常无须特殊处理，通过增加饮水量、适度跳跃运动可促进排出。结石移动过程中可能划伤尿路黏膜，导致轻微血尿，但黏膜修复较快。部分患者因结石刺激出现尿频尿急症状，但不会对肾脏结构造成破坏。
较大结石或特殊位置的结石可能引发肾积水、反复尿路感染等并发症。结石阻塞输尿管时，尿液滞留会使肾盂压力持续升高，导致肾实质变薄。长期梗阻超过6周可能造成不可逆肾功能减退。感染性结石合并肾盂肾炎时，可能出现高热、脓尿等全身症状，严重者诱发感染性休克。少数患者因双侧尿路梗阻发展为急性肾衰竭。
建议每日保持2000-3000毫升饮水量，避免高草酸食物如菠菜、浓茶。突发剧烈腰痛伴血尿时应及时就医，通过超声或CT明确结石位置。体外冲击波碎石适用于直径小于2厘米的肾盂结石，经皮肾镜取石术可处理复杂鹿角形结石。术后需定期复查泌尿系彩超，监测结石复发情况。
