鸡内金具有消食健胃、涩精止遗、通淋化石等功效，主要用于治疗食积不消、呕吐泻痢、小儿疳积、遗尿遗精、石淋涩痛等病症。
鸡内金含有胃蛋白酶、淀粉酶等消化酶，能促进胃肠蠕动，帮助分解食物中的蛋白质和淀粉。对于米面薯芋类食物积滞、肉食积滞引起的脘腹胀满、嗳气吞酸等症状有缓解作用。常与山楂、麦芽等配伍使用，如保和丸、大山楂丸等中成药。
鸡内金通过收敛固涩作用可改善肾气不固导致的遗精滑精，对小儿夜间遗尿也有调节效果。临床多与桑螵蛸、覆盆子等配伍，如缩泉丸、金锁固精丸等制剂。其机制可能与调节膀胱平滑肌张力有关。
鸡内金能促进胆汁分泌，增强泌尿系统平滑肌收缩，对胆结石、肾结石引起的绞痛有缓解作用。常与金钱草、海金沙等组成排石方剂，如排石颗粒、肾石通颗粒等。体外研究表明其提取物可抑制草酸钙结晶形成。
针对小儿疳积出现的面黄肌瘦、毛发焦枯、食欲异常，鸡内金通过增强消化功能改善营养吸收。多与白术、茯苓等健脾药物配伍，如小儿健脾丸、肥儿丸等。需注意与寄生虫性营养不良进行鉴别。
现代研究发现鸡内金多糖成分具有调节血糖作用，能改善糖尿病患者的糖耐量异常。常作为辅助用药与黄芪、山药等配伍，如消渴丸、参芪降糖颗粒等。但不可替代降糖药物使用。
使用鸡内金时需注意，生品消食力强但腥味较重，炒制后健脾止泻效果更佳但酶活性降低。脾虚无积滞者慎用，结石直径超过6毫米或存在尿路梗阻时应避免单用排石。建议在中医师指导下根据具体证候选择炮制品及配伍方案，服药期间保持饮食清淡，避免油腻辛辣食物影响药效发挥。定期复查结石大小变化，出现剧烈腹痛、血尿等症状应及时就医。
