上颌窦黏膜下囊肿可通过定期观察、药物治疗、穿刺抽吸、内镜手术、开放手术等方式处理。囊肿较小且无症状时可暂不干预，若引发鼻塞、头痛或继发感染则需医疗介入。
体积小于10毫米且无不适症状的囊肿，建议每6-12个月复查鼻窦CT。观察期间需关注是否出现面部胀痛、反复鼻出血等异常表现。此类囊肿多为黏液潴留性囊肿，生长缓慢，部分可能自行吸收。
合并急性感染时可遵医嘱使用克拉霉素片、桉柠蒎肠溶软胶囊、糠酸莫米松鼻喷雾剂。药物治疗适用于伴发鼻窦炎的情况，可缓解黏膜水肿并控制感染，但无法消除囊肿本体。用药期间需监测肝功能异常等不良反应。
在鼻内镜引导下穿刺抽取囊液，适用于单房性、囊壁薄的囊肿。该操作创伤较小但复发率较高，术后需配合生理盐水鼻腔冲洗。穿刺后送检囊液可排除肿瘤性病变，操作后可能出现短暂鼻腔渗血。
经鼻内镜行囊肿揭盖术是主流治疗方式，通过扩大上颌窦自然开口引流囊液。手术时间约30-50分钟，术后需填塞止血材料24-48小时。该方法保留窦腔生理功能，复发率低于穿刺，但可能发生窦口粘连等并发症。
对复杂多房囊肿或内镜手术失败者，可能需行上颌窦根治术。经唇龈沟切口进入窦腔完整切除囊肿，术后需预防性使用抗生素。该术式视野清晰但创伤较大，可能影响面部感觉神经功能。
术后应保持鼻腔清洁，使用生理性海水喷雾维护黏膜功能，避免用力擤鼻及剧烈运动。饮食宜清淡，限制辛辣刺激食物。吸烟患者需严格戒烟，合并过敏性鼻炎者应远离过敏原。若出现术区剧烈疼痛、持续发热或视力改变，需立即返院复查。日常可进行适度有氧运动增强免疫力，但潜水、高空飞行等气压变化大的活动需谨慎。
