多数肺栓塞患者无须手术治疗，治疗方式主要有抗凝治疗、溶栓治疗、下腔静脉滤器置入、血栓切除术。
低分子肝素、华法林、利伐沙班等抗凝药物可防止血栓扩大，适用于血流动力学稳定的患者，可能伴随下肢肿胀、胸痛等症状。
阿替普酶、尿激酶等药物可快速溶解血栓，用于高危肺栓塞伴休克患者，发病与静脉血流淤滞有关，可能出现咯血、呼吸困难。
对于抗凝禁忌或复发患者，通过介入手术放置下腔静脉滤器拦截血栓，多与深静脉血栓形成相关，常见下肢疼痛症状。
经导管或开胸手术清除肺动脉主干血栓，适用于溶栓失败的大面积栓塞，常由肿瘤、创伤导致，表现为晕厥、低氧血症。
急性期需绝对卧床休息，恢复期逐步增加活动量，定期监测凝血功能并避免剧烈运动。
