膀胱镜检查通常会有一定不适感，但多数人可以耐受。检查过程中可能出现尿道刺痛、尿急等短暂不适，医生会通过局部麻醉减轻痛苦。
膀胱镜检查时，医生会将纤细的镜体经尿道插入膀胱。检查前会使用利多卡因凝胶进行表面麻醉，能有效降低尿道敏感度。镜体进入膀胱后需注入生理盐水充盈膀胱，此时可能产生轻微腹胀感。整个检查过程通常持续5-10分钟，配合医生呼吸放松能显著减轻不适。现代膀胱镜直径仅3-5毫米，采用柔性材料设计，对尿道黏膜的刺激已大幅减小。
少数敏感体质者可能出现较强烈的不适反应，如严重尿痛、反射性肌肉痉挛等。既往有尿道狭窄、前列腺增生的患者，检查难度可能增加。检查后1-2天内可能出现排尿灼热感或血尿，这些症状通常会在24-48小时内自行缓解。检查前充分沟通、检查中保持放松体位、检查后多饮水都有助于提升耐受性。
检查前1小时建议排空膀胱但不排尿，避免尿液稀释麻醉效果。检查后24小时内避免骑车、久坐等可能摩擦会阴部的活动，可饮用蔓越莓汁预防尿路刺激。若出现持续血尿、发热或剧烈疼痛超过48小时，应及时返院复查。对于特别紧张的患者，可提前与医生讨论镇静方案。
