直肠粘膜手术可能出现后遗症，但概率较低且多数可控。常见后遗症包括肛门坠胀感、排便习惯改变、创面出血等，通常与手术方式、个体恢复差异及术后护理有关。
术后肛门坠胀感多因手术刺激或局部水肿导致，一般1-2周内逐渐缓解，可通过温水坐浴促进血液循环改善症状。排便习惯改变表现为排便次数增多或里急后重感，与直肠粘膜敏感性暂时升高有关，多数患者在3个月内自行恢复，期间需保持高纤维饮食避免便秘刺激创面。创面出血多见于术后1-3天，通常为少量渗血，若出血量超过日常月经量或持续超过3天需及时就医处理。
少数患者可能出现肛门狭窄或粘膜愈合不良等并发症。肛门狭窄多因瘢痕增生导致，需通过定期扩肛治疗预防；粘膜愈合不良常见于糖尿病患者或创面感染患者，需加强抗感染和创面换药。极个别情况下可能发生肛门失禁，多见于高龄或术前已存在括约肌功能受损者，需通过生物反馈训练改善。
术后应保持会阴清洁干燥，每日用温水清洗2-3次，避免久坐压迫创面。饮食上选择易消化膳食纤维如燕麦、香蕉等，禁食辛辣刺激食物至少1个月。术后1个月需复查肛门镜评估愈合情况，若出现持续疼痛、发热或异常分泌物应及时返院检查。多数后遗症通过规范处理可完全恢复，不必过度焦虑。
