急性呼吸衰竭的预后与病因、治疗时机及基础疾病控制情况密切相关，轻度患者经及时干预多可恢复，重症患者可能遗留肺功能损伤或需长期氧疗。
由肺部感染或哮喘急性发作引发的急性呼吸衰竭，在早期给予抗感染、支气管扩张剂等针对性治疗后，血气指标通常能在24-72小时内改善。这类患者出院后通过规范用药和肺康复训练，肺功能多可逐渐恢复正常。慢性阻塞性肺疾病急性加重导致的呼吸衰竭，经无创通气联合糖皮质激素治疗，症状缓解后仍需持续使用长效支气管舒张剂，部分患者可能进展为慢性呼吸衰竭。心源性肺水肿引起的呼吸衰竭在纠正心功能后预后较好，但需长期控制血压和液体负荷。
严重创伤、急性呼吸窘迫综合征或多器官功能障碍综合征患者，即使度过急性期也可能存在持续性低氧血症，需家庭氧疗或间断无创通气支持。这类患者肺部CT常显示纤维化改变，运动耐量显著下降。误吸导致的呼吸衰竭若合并严重肺部感染，病死率较高，存活者易继发支气管扩张等后遗症。高龄、存在免疫缺陷或恶性肿瘤的患者，由于原发病难以根治，呼吸衰竭复发风险显著增加。
建议患者出院后定期复查肺功能和动脉血气，避免吸烟及接触呼吸道刺激物。存在基础肺部疾病者应接种流感疫苗和肺炎疫苗，进行腹式呼吸训练等肺康复锻炼。出现气促加重或咳痰性状改变时需及时复诊，必要时调整治疗方案。
