新生儿败血症可能产生后遗症，但多数患儿经及时规范治疗后预后良好。少数重症或治疗延误的病例可能出现神经系统损伤、听力障碍、生长发育迟缓等后遗症。新生儿败血症主要由细菌感染引起，需通过血培养等检查明确病原体后针对性治疗。
轻度新生儿败血症患儿在足量抗生素治疗下通常不会遗留后遗症。早期使用头孢噻肟钠注射液、注射用氨苄西林钠等药物控制感染，配合静脉营养支持，多数患儿感染指标可在1-2周内恢复正常。此类患儿出院后需定期随访血常规、听力筛查等基础项目，日常注意喂养卫生与皮肤护理，后遗症发生概率较低。
重症感染合并化脓性脑膜炎、感染性休克等情况时，可能造成脑室周围白质软化、感音神经性耳聋等不可逆损害。部分患儿因多器官功能损伤导致远期认知功能障碍或运动发育落后。此类患儿需在新生儿重症监护病房进行机械通气、连续血液净化等高级生命支持，后期需长期接受康复训练。早产儿、低出生体重儿因免疫系统发育不完善，更易出现支气管肺发育不良、视网膜病变等继发问题。
新生儿败血症患儿出院后应定期进行生长发育评估与神经系统检查，6月龄前每月监测头围增长曲线。母乳喂养有助于提升免疫力，接触患儿前需严格洗手。若发现肌张力异常、追视反应迟钝等表现，应及时至儿科或儿童康复科就诊。保持居住环境通风清洁，避免与呼吸道感染者接触，可降低再次感染风险。
