先天性肠闭锁手术风险性通常与患儿病情严重程度相关，多数情况下手术是安全有效的治疗手段，但存在一定并发症概率。
先天性肠闭锁手术风险主要与闭锁部位、是否合并其他畸形以及术前营养状况有关。对于单纯性肠闭锁且无严重并发症的患儿，手术成功率较高。术中采用肠吻合术或造瘘术重建消化道连续性，术后需密切监测吻合口愈合情况。常见短期风险包括吻合口漏、腹腔感染、肠粘连等，发生率随医疗技术进步已显著降低。早产或低体重患儿因器官发育不成熟，可能增加麻醉耐受性差、术后恢复缓慢等风险。
少数合并复杂畸形或广泛肠坏死的病例手术风险显著升高。如合并胎粪性腹膜炎需行肠切除时，可能出现短肠综合征等远期并发症。染色体异常患儿因多系统受累，术后管理难度加大。极少数情况下，严重电解质紊乱或脓毒血症可能危及生命，需在新生儿重症监护单元进行围手术期支持治疗。
建议选择具备新生儿外科经验的医疗团队实施手术，术前完善超声、造影等评估闭锁类型。术后需规范进行肠外营养支持，逐步过渡至经口喂养，定期随访生长发育指标。家长应遵医嘱做好造瘘护理，观察腹胀、呕吐等异常症状，及时处理伤口感染等并发症。
