小儿脑炎可能有后遗症，具体与病情严重程度、治疗及时性及个体差异有关。脑炎后遗症主要包括运动障碍、智力发育迟缓、癫痫发作、语言功能障碍及行为异常等。早期规范治疗和康复干预有助于降低后遗症风险。
轻度脑炎患儿经及时抗病毒或抗感染治疗后，多数预后良好，无明显后遗症。部分患儿可能出现短暂注意力不集中或轻微运动协调障碍，通过营养支持、认知训练及物理治疗可逐步恢复。病毒性脑炎中，单纯疱疹病毒性脑炎若在发病72小时内使用阿昔洛韦注射液治疗，后遗症概率显著降低。细菌性脑炎如化脓性脑膜炎，早期足量使用头孢曲松钠注射液或美罗培南注射液可减少神经系统损害。
重症脑炎患儿可能出现持续性后遗症。广泛脑实质损伤可导致痉挛性瘫痪，需长期使用巴氯芬片缓解肌张力，配合运动疗法改善功能。颞叶受累可能引发耐药性癫痫，需联合左乙拉西坦口服溶液和丙戊酸钠缓释片控制发作。认知障碍患儿需进行结构化教育训练，辅以胞磷胆碱钠胶囊营养神经。极少数弥漫性脑损伤患儿可能出现植物状态，需终身护理支持。
脑炎恢复期应定期复查脑电图和头颅核磁共振，监测神经系统发育。家长需关注患儿运动里程碑、语言表达及社交能力，发现异常及时转诊至儿童康复科。日常保证优质蛋白和维生素B族摄入，避免剧烈情绪波动诱发癫痫。疫苗接种可预防部分病原体引起的脑炎，如流行性乙型脑炎疫苗、脑膜炎球菌疫苗等。
