功能性胃肠病不治疗可能自行缓解，但部分患者症状会持续或加重。功能性胃肠病是一组以胃肠功能紊乱为主的疾病，主要包括肠易激综合征、功能性消化不良等，通常与胃肠动力异常、内脏高敏感性等因素有关。
部分轻度功能性胃肠病患者通过调整饮食、规律作息、减轻压力等方式，症状可能逐渐缓解甚至消失。这类患者胃肠功能紊乱程度较轻，身体自我调节能力较强，通过减少辛辣刺激食物摄入、避免过度劳累、保持情绪稳定等生活干预，胃肠功能可能恢复正常。但若忽视症状继续不良生活习惯，病情可能反复或加重。
部分中重度患者症状可能持续存在或进行性加重，尤其伴随明显腹痛、腹泻便秘交替、早饱等症状时。这类患者胃肠功能紊乱较明显，自我调节能力有限，长期不治疗可能导致营养吸收障碍、体重下降、焦虑抑郁等并发症。肠易激综合征患者可能出现腹泻型与便秘型相互转化，功能性消化不良患者可能发展为慢性胃炎。此时需药物干预调节胃肠动力、改善内脏敏感性，必要时需心理治疗。
功能性胃肠病患者应避免过度依赖症状自行缓解，尤其症状反复或影响生活质量时需及时就医。日常需保持饮食清淡易消化，规律进食避免过饱，适量补充益生菌调节菌群，进行适度运动促进胃肠蠕动，同时通过冥想、社交等方式缓解心理压力。若症状持续两周以上或伴随体重明显下降、便血等报警症状，必须完善胃肠镜等检查排除器质性疾病。
